Intégré au PAEF, le bilan de phosphore présente un portrait de l'entreprise agricole quand à sa capacité à gérer le phosphore sur une base annuelle. Le bilan de phosphore d'un lieu d'élevage ou d'un lieu d'épandage estime d'une part le volume annuel des matières fertilisantes produites ou reçues à la ferme (fumiers, engrais minéraux ou autres matières) et d'autre part, le volume pouvant être épandu sur les terres diponibles (en propriété, en location ou sous ententes d'épandages) conformément aux abaques de dépôts maximum annuels de phospohore prévus au REA. Essentiellement, le bilan nous informe sur le niveau d'équilibre (100 et +) ou de surplus (<100) de l'exploitation.